Më 7 shtator, Fatmir Sheholli do të dalë për herë të parë në gjykatë për t’u përballur me aktakuzën e Prokurorisë Speciale, ku akuzohet për spiunazh dhe shantazh. Sipas avokatit Skënder Musa, veprat për të cilat akuzohet janë shumë të rënda dhe lidhen me sigurinë dhe rendin kushtetues të Kosovës, duke parashikuar dënime të ashpra, përfshirë minimum pesë vjet burg për spiunazh. Për akuzën e shantazhit, Kodi Penal parashikon dënim nga një deri në dhjetë vjet burgim, veçanërisht nëse përfshihet përdorimi i armës ose përfitime të mëdha financiare. Fatmir Sheholli u arrestua më 9 tetor 2025 pas një hetimi disa-mujor nga Policia e Kosovës me asistencë të Agjencisë së Kosovës për Inteligjencë, por ai vazhdon të prezumohet i pafajshëm deri në vendimin përfundimtar të gjykatës.