Konsumimi i kafesë me stomak bosh nuk shkakton ulçera apo dëmtime të stomakut, por nxit prodhimin e acidit që mund të shkaktojë urth ose refluks tek disa persona. Ekspertja Shannon Lavery sqaron se ulçerat lidhen më shumë me infeksionin bakterial H. pylori ose përdorimin e tepërt të ilaçeve, dhe jo me kafenë. Ajo gjithashtu thekson se kafeja nuk është zgjedhja më e mirë për njerëzit me ankth, pasi bllokon një substancë në tru që ndihmon relaksimin. Për më tepër, rolin kryesor në ndjenjën e energjisë në mëngjes e ka hormoni kortizol, jo kafeja, ndaj rekomandohet që filxhani i parë i kafesë të pihet një ose dy orë pas zgjimit për efekt më të mirë.