Instituti i Shëndetit Publik ka nxjerrë në pah se një numër i konsiderueshëm hotelesh dhe objekte turistike përgjatë bregut të Liqenit të Ohrit nuk janë të lidhura me sistemin e trajtimit të ujërave të zeza, duke shkaktuar ndotje të drejtpërdrejtë në liqen. Në disa zona, si Radozhdë, ujërat e zeza derdhen pa trajtim në liqen, ndërsa tubacionet për ujërat atmosferike janë ndonjëherë të lidhura gabimisht me ujërat e zeza, duke përkeqësuar situatën. Sistemi lokal i kanalizimit në Shën Naum, i ndërtuar në vitin 2013, nuk funksionon plotësisht, pasi nuk përfshin filtra apo klorim, duke lejuar kështu ndotjen e ujit. Megjithatë, analizat laboratorike tregojnë se uji në pjesën më të madhe të liqenit është brenda standardeve ligjore, me përjashtim të disa pikave ku cilësia mikrobiologjike është më e dobët, duke treguar nevojën për ndërhyrje urgjente.