Egnatia ka pësuar një humbje me rezultatin 3-1 në ndeshjen e parë të raundit të tretë kualifikues të Ligës së Evropës, duke u mundur si mysafir nga Shamrock Rovers në Dublin. Pjesa e parë ishte e ekuilibruar, me golin e epërsisë për vendasit në minutën e 29-të nga penalltia, ndërsa Egnatia arriti të barazonte në minutën e 40-të pas një devijimi të aksidentuar të një mbrojtësi vendas. Në pjesën e dytë, skuadra shqiptare nuk arriti të mbante ritmin dhe u ndëshkua me dy gola të shpejtë në minutat 55 dhe 57, duke komplikuar shumë shanset për kualifikim. Ndeshja e kthimit javën e ardhshme do të jetë vendimtare për Egnatian, që synon të përmbysë disavantazhin dhe të vazhdojë ëndrrën drejt fazës "play-off" të Ligës së Evropës.