Një studim i Universitetit të Upsalas në Suedi ka zbuluar se përdorimi i antibiotikëve mund të shkaktojë ndryshime të qëndrueshme në mikrobiomën intestinale, që zgjasin deri në 8 vite pas trajtimit. Edhe një kurë e vetme me antibiotikë mund të lërë gjurmë afatgjata në komunitetin bakterial të zorrëve, duke ndikuar në shëndetin e përgjithshëm. Efektet ndryshojnë sipas llojit të antibiotikut, me klindamicinën, fluorokinolonet dhe flucloxacilinen që shkaktojnë ndryshime më të forta, ndërsa penicilina V ka efekte më të lehta dhe afatshkurtra. Megjithatë, ekspertët theksojnë se antibiotikët mbeten të domosdoshëm për trajtimin e infeksioneve serioze dhe duhet të përdoren vetëm me rekomandim të mjekut.